Grey, Erza et Lucy se lancent à la recherche de Natsu et Happy ! Pendant ce temps, Gerald avance ses pions et fait appel aux Trinity Raven, l'unité d'élite d'une terrible guilde d'assassins. L'espoir revient à nos héros quand il s'avère que Simon est de leur côté et qu'il est bien décidé à contrecarrer les plans de Gerald, mais le Conseil vient à voter l'utilisation d'Aetherion, un redoutable sort de destruction. La Tour du Paradis n'a plus que 25 minutes devant elle...

Le réveil de Deliora est pour bientôt. Natsu et ses compagnons font tout leur possible pour l'arrêter ! Quand soudain, un cri inhumain retentit et déchire le ciel ! Le démon destructeur serait-il revenu à la vie ? En souvenir d'Oul, son maître, Grey décide de se sacrifier et lance le sort de la glace ultime. Le dernier combat s'engage alors sur l'île de Galuna ! Quelle en sera l'issue ?

Les guildes magiques sont des associations. Elles proposent différentes tâches aux magiciens, allant de la recherche d'un objet à l'attaque en règle. Lucy, une jeune magicienne, rêve d'entrer dans l'une d'elles.
Un jour, elle rencontre Natsu, un magicien maitrisant le feu, ce dernier l'invite alors à rejoindre sa guilde. Il s'agit de la célèbre Fairy Tail, le sujet de tous les rêves de Lucy. Mais celle-ci est bien mystérieuse et semble être à l'origine de nombreux scandales...

"Prions la lumière sacrée !"... Pour empêcher la résurrection de Zeleph, le conseil magique décide d'utiliser Aetherion, une sorte de super canon magique ! Pendant ce temps, Erza choisie de se sacrifier pour entraîner Gerald avec elle ! Tandis que Natsu et Erza sont encore dans la Tour du paradis, Aetherion lance son attaque ! À cet instant, Gerald sourit tel un démon, que cache ce sourire ? Tout cela aurait-il un but secret ?

Le bâtiment de la guilde de Phantom Lord se transforme en magicien géant et prépare un sort de destruction ! Si le sort est lancé, il ne restera rien de Fairy Tail, même pas des ruines ! Pour l'arrêter, il faut éliminer les quatre éléments dont il tire son énergie. Il ne reste plus que quelques minutes... Natsu et ses compagnons se sont introduits chez les Phantoms, le destin de Fairy Tail est entre leurs mains !

La bande de Luxus a été décimée mais ce dernier refuse toujours d'entendre raison et le « Palais des chants divins » menace toujours la ville. L'intervention de Mistgun n'y change rien, ni même l'annonce de l'état de santé de Maître Makarof, son grand-père. Luxus est bien décidé à faire main basse sur la guilde pour remodeler Fairy Tail à son idée ! Heureusement, Natsu est prêt à prouver qu'il est le plus fort, même s'il doit accepter l'aide de Gajil pour y arriver !

Au premier étage de Fairy Tail se trouve le tableau des petites annonces pour les boulots dangereux ! On les appelle les "S-Quest". Il n'y a que cinq personnes capables de les accomplir mais Natsu, Lucy et Happy décident de relever le défi ! Les commanditaires de cette annonce sont les habitants d'une île qui se transforment en démons sous l'influence de la Lune. La seule solution est de lever ce sortilège ... en détruisant la Lune ! Rien que ça ?!

Fairy Tail a été reconstruite ! C'est un nouveau départ pour Natsu et toute la guilde. De nouveaux magiciens arrivent en masse, les événements se succèdent et tout le monde veut une interview des héros. Mais un membre de longue date de la guilde se comporte de façon inquiétante ! Alors que Fantasia va commencer Fairy Tail va devoir se battre pour sauver leur amis et leur guilde.

Eligoal, le dirigeant d'Eisen Wald, s'est échappé en emportant la maléfique Lullaby ! Le son de cette flûte entraîne une mort immédiate pour tous ceux qui l'entendent ! Quelles sont les revendications du chef de cette guilde clandestine et qu'est-ce qui le pousse à commettre un tel massacre ?! Le mystère reste entier... Mais les membres de Fairy Tail sont déjà sur l'affaire, parmi eux, Natsu, Grey et Erza. Bref, les meilleurs éléments de la guilde (?) partent au combat ! Bien évidemment, ils sont accompagnés de Lucy et Happy !

Il faut bien décompresser de temps en temps ! C’est pour ça que Natsu et les autres sont venus dans une station balnéaire. Mais le bon temps n’est pas fait pour durer et voilà déjà une urgence à régler ! Des types patibulaires les attaquent et enlèvent Erza. Qu’est-ce que "la Tour du Paradis" où ils l’emmènent et qui est ce "Gerald" qui l’y attend ? La tour renferme le terrible passé d’Erza !

La Battle of Fairy Tail fait rage et ne se présente pas sous le meilleur jour pour les membres fidèles au Maître Makarof. Pourtant tout n'est peut-être pas perdu ! La colère de Natsu pourrait bien modifier la donne et conduire à un renversement de situation ! En attendant, l'orgueil de Luxus conduit certains des membres les plus discrets de Fairy Tail à révéler toute leur puissance. Profitant des événements, certains se révèlent aussi bien moins fiables qu'on pourrait le croire... Ce combat va-t-il sonner la fin de Fairy Tail ?

La malédiction est le fait de Leon, le frère d'apprentissage de Grey ! Il veut ramener le démon Deliora à la vie ! Si personne ne l'arrête, l'humanité court à sa perte ! Natsu et ses compagnons vont tout faire pour l'arrêter mais Grey, qui se sent responsable de la mort de son Maître, et Leon, son liés par le destin ! C'est de la folie, cette "S-quest" !

Natsu et Lucy se dirigent vers leur première véritable mission en équipe, et cette fois se sera à Lucy, la nouvelle recrue de jouer ! Mais les choses ne se passent pas comme prévu et Natsu va devoir faire appel à ses plus puissants sortsà Mais les choses plus sérieuses commencent ensuite, ils vont devoir lutter contre une autre guilde de magiciens !

Le combat contre les Phantoms touche à sa fin et tourne à l'avantage de Fairy Tail ! Mais il faut encore attendre l'avis du conseil et reconstruire la guilde. En plus, Lucy se sent responsable et laisse un message avant de repartir chez ses parents. Les problèmes ne cessent de s'amonceler ! En plus, on découvre que Loki aussi a un terrible secret ! Aujourd'hui encore, c'est la panique à Fairy Tail !

La guerre est déclarée entre les guildes de Fairy Tail et de Phantom Lord. En réponse à une attaque surprise, la bande de Fairy Tail donne l'assaut à la guilde adverse ! Mais pendant ce temps, Lucy, qui ne participe pas à la bataille, se fait agresser. Son "secret" serait-il la véritable raison de cette guerre ?