Nous sommes à l'ère des pirates. Luffy, un garçon espiègle, rêve de devenir le roi des pirates en trouvant le One Piece, un fabuleux trésor. Par mégarde, Luffy a avalé un jour un fruit du démon qui l'a transformé en homme caoutchouc. Depuis, il est capable de contorsionner son corps élastique dans tous les sens, mais il a perdu la faculté de nager. Avec l'aide de ses précieux amis, il va devoir affronter de redoutables pirates dans des aventures toujours plus rocambolesques.

Après leur bataille sur Little garden, nos amis reprennent la mer en direction d'Alabasta. Mais Nami est terrassée par une forte fièvre, ce qui force léquipage du Vogue Merry à faire escale sur l'île enneigée de Drum, pour y trouver un médecin. Le seul docteur de l'île est une sorcière habitant au sommet d'une haute montagne...

Après s'être échappé de Loguetown, nos amis arrivent enfin sur la route de tous les périls ! Mais ils se font avaler par une gigantesque baleine. Ils y rencontrent une personne qui leur apprend l'existence du log pose, le seul moyen de naviguer sans danger sur la mer de tous les périls. Enfin ils arrivent sur l'île de Whiskey Peak, où ils sont accueillis comme des rois.

Sur la route d'Alabasta, nos amis font escale sur une petite île peuplée par deux géants. Surgissent alors deux agents spéciaux des Baroque Works : Mr 3 et Miss Valentine. Ces derniers sont dotés du pouvoir des fruits du démon. Le combat fait rage et nos amis qui se retrouvent en mauvaise posture...

Luffy et Zorro, qui poursuivent leur voyage, font la connaissance de Nami, "la voleuse de pirates", qui se trouve aux prises avec le clown pirate Baggy, qui possède une carte de la "route de tous les périls". Luffy décide alors de défier le terrible Baggy, détenteur lui aussi du pouvoir d'un fruit du démon.

Grey, Erza et Lucy se lancent à la recherche de Natsu et Happy ! Pendant ce temps, Gerald avance ses pions et fait appel aux Trinity Raven, l'unité d'élite d'une terrible guilde d'assassins. L'espoir revient à nos héros quand il s'avère que Simon est de leur côté et qu'il est bien décidé à contrecarrer les plans de Gerald, mais le Conseil vient à voter l'utilisation d'Aetherion, un redoutable sort de destruction. La Tour du Paradis n'a plus que 25 minutes devant elle...