En voulant ressusciter leur mère, Edward et Alphonse Elric vont utiliser une technique interdite relevant du domaine de l'alchimie : la transmutation humaine. Seulement, l'expérience va mal tourner : Edward perd un bras et une jambe et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant prisonnier d'une armure. Devenu un alchimiste d'Etat, Edward, surnommé " FullMetal Alchimiste ", se lance, avec l'aide de son frère, à la recherche de la pierre philosophale, leur seule chance de retrouver leur état initial.
Ils commencent à enquêter sur un étrange homme, "le fondateur" qui passe pour un faiseur de miracles...

Une fois à East City, les deux frères Elric font la connaissance des deux personnes qui deviendront leurs plus précieux alliés : Roy Mustang alias l'alchimiste de feu, et le débonnaire Louis Armstrong, colosse au coeur tendre ne manquant jamais une occasion de se déshabiller pour dévoiler son imposante musculature. Mais pour nos héros, il s'agit surtout de commencer leurs investigations tandis qu'un mystérieux alchimiste est soupçonné de réaliser des expériences interdites sur des humains. C'est d'ailleurs au cours de cette première enquête qu'ils font la connaissance de leur plus redoutable rival, le terrifiant Scar ! Vengeur ténébreux et mystérieux, ce dernier sème la panique sur la capitale, exécutant de sang froid tous les alchimistes d'état qui lui barrent la route. ...

Après un combat dévastateur contre l'énigmatique Scar, Edward et Alphonse se rendent dans leur village natal afin de réparer leurs corps meurtris. C'est l'occasion pour les frères Elrics de retrouver Winry Rockbell, leur amie d'enfance ainsi que sa grand-mère Pinako Rockbell qui sont les mécaniciennes les plus réputées de la région. Mais le repos est de courte durée et nos alchimistes partent rapidement pour la capitale, Central City, afin de percer le secret de la pierre philosophale et du Laboratoire N°5...

Un grand pouvoir a parfois de dramatiques conséquences. Après de terribles révélations concernant la pierre philosophale, Edward et Alphonse sont plus déterminés que jamais à percer le secret du laboratoire numéro 5. Ils y trouvent deux adversaires de taille qui, tout comme Alphonse, sont des armures auxquelles on a affixé une âme. Affaiblis tant physiquement que moralement, nos deux frères vont devoir affronter un danger encore plus grand qui remettra insidieusement en cause la confiance qu'ils ont l'un envers l'autreà

La perte d'un être cher est toujours un moment difficile à traverser. La mort du lieutenant-colonel Hughes lors d'un ignoble assassinat a ébranlé toute l'armée. Ignorant tout du funeste destin de leur ami, les frères Elric accompagnés de Winry font route vers la ville de Dublith où réside le maître des deux jeunes hommes. A la requête de Winry, ils font une escale dans la bourgade de Rush Valley, Mecque des créateurs d'Auto-mails, endroit rêvé pour en apprendre un peu plus sur la création de ces membres mécaniques et sur l'origine de la vie...

Après quelques péripéties dans la région de Rush Valley, Edward et Alphonse quittent leur amie Winry, qui veut se perfectionner en mécanique, pour continuer leur voyage vers le sud du pays. Toujours en quête d'informations concernant la transmutation humaine, nos deux alchimistes se rendent chez leur maître, la terrible Izumi Curtis. C'est l'occasion de se remémorer les conditions de leur rencontre et le terrible entraînement qu'elle leur a fait subir.

De passage à Dublith chez leur mentor, la terrible Izumi Curtis, les frères Elric vont devoir faire face à une mystérieuse organisation composée d'hommes aux pouvoirs sortant de l'ordinaire. C'est aussi l'occasion de faire la connaissance de leur leader, le charismatique Greed - qui s'avèrera être un adversaire de taille - mais aussi d'en apprendre un peu plus sur la face cachée des hautes instances militaires d'Amestris. La route vers la vérité se dégage peu à peu...

Alors qu'Edward s'absente pendant quelques jours pour passer son examen annuel d'alchimiste d'Etat, Alphonse se fait prendre en otage par le terrible gang du Devil's Nest. Leur leader, Greed, veut percer le secret du jeune frère Elric afin d'obtenir la vie éternelle. Il faudra l'intervention d'Edward mais surtout celle du président King Bradley en personne pour venir en aide à Alphonse. Pourquoi l'homme le plus important du pays a-t-il pris tant de risques ? Quels mystères se cachent derrière la marque de l'Ouroboros ? Qui sont ces étranges visiteurs venus du pays de Xing ? Tant de questions qui trouveront un début de réponse dans ce huitième volume de Fullmetal Alchemist.