L'aventure des frères Elric continue avec la découverte des secrets renfermés par le corps de Barry le boucher. Quel est donc le rôle exact de l'armée dans ce qui semble être un complot à l'envergure de plus en plus incalculable?

Les frères Elric sont de retour à Central City accompagnés de Winry, leur amie d'enfance, et de Lin, un mystérieux visiteur en provenance de la lointaine contrée de Xing. Ils découvrent avec douleur que la ville est le théâtre d'un complot terrible impliquant les plus hautes instances de l'armée. Le colonel Mustang et son équipe, au cœur de la tourmente, tentent de démêler le fil de la vérité ; même si pour cela, ils risquent de tout perdre. Militaires ou Homonculus, qui restera en vie ?!