Dans un bourg de la côte dalmate, en Croatie, Silva, 17 ans, disparaît lors de la fête des pêcheurs. C'est un samedi de septembre 1989, dans la Yougoslavie agonisante. L'enquête menée par l'inspecteur Gorki ÏSain fait émerger un portrait de Silva plus complexe que ne le croyait sa famille : la lycéenne scolarisée à Split menait-elle une double vie ? Mais l'Histoire est en marche, le régime de Tito s'effondre, et au milieu du chaos, l'affaire est classée. Seule la famille de Silva poursuit obstinément les recherches... à travers ce drame intime, L'Eau rouge déploie dans une grande fresque les bouleversements de la société croate, de la chute du communisme à l'explosion du tourisme, en passant par la guerre civile... Ou comment les traumatismes de l'Histoire forgent les destins individuels.
